Comme dans la plupart des ports, les quais et les darses sont spécialisés : pour la pêche, pour la plaisance, pour le radoub, pour les échanges commerciaux et les passagers.
On distingue au premier plan la ZIP (zone industrialo-portuaire) de Port-Vendres située dans la partie sud du site, sur des espaces laissés vierges par l’urbanisation. On remarque l’accès aux quais par une route (récente) et une voie férrée (peu visible) ; des aires de stokage pour containers ; une zone d’activités pour les entreprises locales : conserveries d’anchois Papa Falcone (fabrication traditionnelle de la côte catalane) et une entreprise de vente/achat de bateau de plaisance et d’hivernage ; des bâtiments industriels accolés aux quais.