L’actuel bâtiment rectangulaire à deux étages de l’hôtel de ville témoigne de la prospérité de la ville au XIVe siècle : en 1393, le conseil municipal obtient que les bâtiments administratifs et commerciaux (maisons de marchands, étals de boulangers, tour, hôtel de ville, tribunal et balance publique) construits depuis le XIIIe s. sur la place du marché (le Rynek) fusionnent pour former un nouvel et unique bâtiment. L’édifice a été largement remanié aux XVIIe et XVIIIe siècles.
Au milieu du XVe s., Toruń passe à la couronne de Pologne. Au XVIe s., Gdańsk, située en aval sur la Vistule, la détrône comme capitale économique du nord de la Pologne, mais Toruń reste un important centre culturel, universitaire de la Renaissance. C’est la ville natale de Nicolas Copernic (en 1473).