Usage pédagogique des scripts

Avant d’énumérer quelques contextes d’utilisation de ces « scripts » en classe, rappelons que leur usage ne dispense pas de l’apprentissage par les élèves des fonctions de base des visionneuses de molécules ; cependant, les scripts apportent à l’enseignant de SVT une plus-value pédagogique ; ils peuvent être utilisés dans les situations suivantes :

• corrigé d’un TP avec RASTOP au cours duquel il est demandé à l’élève de suivre un protocole d’affichage d’une molécule,
• amorce d’un TP avec RASTOP : l’élève prend le relais du script (pour calculer par exemple des distances entre atomes, pour superposer des molécules...),
• démonstration lors d’un cours : le visionnement 3D et la manipulation de la molécule au cours du script permet d’atteindre rapidement l’affichage moléculaire souhaité.

Utiliser, modifier et écrire des scripts pour RASTOP

Il est facile à l’aide d’un simple traitement de texte tel que Word pad (on peut aussi utiliser Word !) de créer des scripts pour « RASTOP » ; l’objet du document ci-dessous
est donc de donner quelques conseils, utilisables par tous, pour l’utilisation, la modification ou l’écriture de scripts.

Quelques scripts téléchargeables sur ce site :

Pour utiliser les scripts présentés ci-dessous : télécharger le script, le décompresser dans un dossier qui peut être indépendant de celui de « RASTOP », puis double cliquer sur le fichier .rsm contenu dans le zip (la molécule .pdb doit rester dans le même dossier que le script) ; pour passer d’une scène du script à une autre, appuyer sur la barre d’espacement. Pour pouvoir visionner les scripts, « RASTOP » doit être installé.

Autre possibilité pour accéder au script : dans « RASTOP » faire « fichier » / « charger un script » et sélectionner le script .rsm ou .rsm décompressé dans le dossier choisi.

– niveau 2nde :

• Universalité de la molécule d’ADN
  • Etude de la structure et de la composition de l’ADN
  • Universalité de la molécule d'ADN  : étude comparative de 4 molécules d’ADN (rat (Mammifère), Saccharomyces sp - levure (Champignon), Escherichia coli (Bactérie), Papillomavirus (Virus))
• Gènes du développement
  • Action sur l’ADN des protéines codées par des gènes homéotiques (Drosophile)  : action sur l’ADN des protéines « antennapedia » (codée par le gène « ant ») et protéine « bithorax » (codée par le gène « ubx »))

– niveau 1ère S :

• Du génotype au phénotype
  • La diversité des phénotypes moléculaires : exemple de l’hémoglobine
    • Comparaison HbA et HbS  : structure des 2 hémoglobines et différences
    • Comparaison des acides aminés des globines des 2 hémoglobines A et S (document htm)
    • Etude du dimere HbS - HbS
  • Les enzymes, des protéines actives dans la catalyse : exemple de la carboxypeptidase
    • Etude de l’enzyme carboxypeptidase et des relations avec son substrat (dipeptide)
    • Comparaison de la relation carboxypeptidase-substrat (dipeptide) et carboxypeptidase-inhibiteur (2L Benzylsuccinate)
    • Effet des mutations : comparaison de la relation carboxypeptidase-substrat dans les deux cas (mutation ou non)
    • Conséquences d’une dénaturation des protéines par lachaleur : comparaison de la relation carboxypeptidase-substrat dans les deux cas (dénaturation ou non)
  • La synthèse des protéines
    • Etude comparée ADN - ARN
• Nucléosome, réplication semi-conservative et divisions cellulaires
  • Etude du nucléosome  : le nucléofilament (enroulement de la molécule d’ADN autour d’une molécule d’histone)
  • Etude de la réplication semi-conservative  : réplication semi-conservative de l’ADN par l’activité enzymatique de l’ADN-Polymérase
  • Etude d’une protéine régulatrice, la P53  : relation p53 (surtout son unité centrale) - ADN
• Synthèse des protéines : transcription et traduction
  • Etude de la transcription  : activité enzymatique de l’ARN Polymérase et transcription d’un brin de l’ADN en en ARN m

–  niveau Terminale S :

• Immunologie
  • Structure d'un anticorps : chaînes lourdes et légères, partie variable et partie constante, partie hypervariable, relation anticorps –antigène
  • Comparaison des acides aminés des chaînes lourdes et légères d’un anticorps (document htm)
  • Relations antigènes (du VIH) – anticorps (FAB) : p 24 , gp 41 et gp 120

Des liens relatifs à RASTOP :

• Téléchargement de RASTOP, version française (2.0.3-VF) de Naoum Salamé, Philippe Valadon et Christian Duqué sur le site de l’INRP site de l'INRP
• Une aide pour l’utilisation de RASTOP (auteurs : P. Nadam – Lycée "La Tour des Dames" Rozay-en-Brie (77) Janvier 2003) site de svtolog
• Librairie de molécules site officiel incontournable : toutes les molécules utilisables au Lycée (téléchargement des molécules et applications pédagogiques)
• Sur le site de l’INRP, les scripts de « RASTOP »
• Dernière version de « RASTOP »