Utiliser, modifier et créer des scripts pour « RASTOP »

jeudi 23 août 2007
popularité : 3%

On peut avec les visionneuses de molécules telles que « RASTOP » et « RASMOL », utiliser des « scripts » , c’est-à-dire de petits programmes permettant d’exploiter de façon simple, la ou les molécules que l’on souhaite étudier. L’objet de cet article est donc de présenter les intérêts pédagogiques de ces scripts, de donner des informations pratiques (exécution, modification de scripts existants et écriture de nouveaux scripts) et enfin d’en fournir quelques exemples.

Usage pédagogique des scripts

Avant d’énumérer quelques contextes d’utilisation de ces « scripts » en classe, rappelons que leur usage ne dispense pas de l’apprentissage par les élèves des fonctions de base des visionneuses de molécules ; cependant, les scripts apportent à l’enseignant de SVT une plus-value pédagogique ; ils peuvent être utilisés dans les situations suivantes :

  • corrigé d’un TP avec RASTOP au cours duquel il est demandé à l’élève de suivre un protocole d’affichage d’une molécule,
  • amorce d’un TP avec RASTOP : l’élève prend le relais du script (pour calculer par exemple des distances entre atomes, pour superposer des molécules...),
  • démonstration lors d’un cours : le visionnement 3D et la manipulation de la molécule au cours du script permet d’atteindre rapidement l’affichage moléculaire souhaité.

Utiliser, modifier et écrire des scripts pour RASTOP

Il est facile à l’aide d’un simple traitement de texte tel que Word pad (on peut aussi utiliser Word !) de créer des scripts pour « RASTOP » ; l’objet du document ci-dessous
est donc de donner quelques conseils, utilisables par tous, pour l’utilisation, la modification ou l’écriture de scripts.

PDF - 138.3 ko
Scripts RASTOP

Quelques scripts téléchargeables sur ce site :

Pour utiliser les scripts présentés ci-dessous : télécharger le script, le décompresser dans un dossier qui peut être indépendant de celui de « RASTOP », puis double cliquer sur le fichier .rsm contenu dans le zip (la molécule .pdb doit rester dans le même dossier que le script) ; pour passer d’une scène du script à une autre, appuyer sur la barre d’espacement. Pour pouvoir visionner les scripts, « RASTOP » doit être installé.

Autre possibilité pour accéder au script : dans « RASTOP » faire « fichier » / « charger un script » et sélectionner le script .rsm ou .rsm décompressé dans le dossier choisi.

- niveau 2nde :

  • Universalité de la molécule d’ADN
  • Gènes du développement
    • Action sur l’ADN des protéines codées par des gènes homéotiques (Drosophile)  : action sur l’ADN des protéines « antennapedia » (codée par le gène « ant ») et protéine « bithorax » (codée par le gène « ubx »))

- niveau 1ère S :

  • Du génotype au phénotype
    • La diversité des phénotypes moléculaires : exemple de l’hémoglobine
    • Les enzymes, des protéines actives dans la catalyse : exemple de la carboxypeptidase
      • Etude de l’enzyme carboxypeptidase et des relations avec son substrat (dipeptide)
      • Comparaison de la relation carboxypeptidase-substrat (dipeptide) et carboxypeptidase-inhibiteur (2L Benzylsuccinate)
      • Effet des mutations : comparaison de la relation carboxypeptidase-substrat dans les deux cas (mutation ou non)
      • Conséquences d’une dénaturation des protéines par lachaleur : comparaison de la relation carboxypeptidase-substrat dans les deux cas (dénaturation ou non)
    • La synthèse des protéines
  • Nucléosome, réplication semi-conservative et divisions cellulaires
  • Synthèse des protéines : transcription et traduction
    • Etude de la transcription  : activité enzymatique de l’ARN Polymérase et transcription d’un brin de l’ADN en en ARN m

-  niveau Terminale S :

Des liens relatifs à RASTOP :

  • Téléchargement de RASTOP, version française (2.0.3-VF) de Naoum Salamé, Philippe Valadon et Christian Duqué sur le site de l’INRP site de l’INRP
  • Une aide pour l’utilisation de RASTOP (auteurs : P. Nadam – Lycée "La Tour des Dames" Rozay-en-Brie (77) Janvier 2003) site de svtolog
  • Librairie de molécules site officiel incontournable : toutes les molécules utilisables au Lycée (téléchargement des molécules et applications pédagogiques)
  • Sur le site de l’INRP, les scripts de « RASTOP »
  • Dernière version de « RASTOP »

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